Die Systemsteuerung beinhaltet die meisten DSM-Einstellungen in einem einfach zu bedienenden Fenster, um DiskStation mit dem Netzwerk zu verbinden, den Zugriff darauf über das Internet zu ermöglichen, Filesharing (oder Dateifreigabe) einzurichten, Anwendungsberechtigungen zu steuern, System- und Hardware-Einstellungen zu verwalten und noch Vieles mehr.